Les infections de l’appareil génital d’un étalon sont rares, mais leur impact est non négligeable : la fertilité de l’étalon peut diminuer, l’étalon peut être interdit de saillie, ou les juments saillies peuvent être infectées. Le vétérinaire doit gérer au plus vite la situation, et permettre une reprise rapide de l’activité de l’étalon, tout en garantissant un contexte sanitaire pour les juments.

L’article aborde la démarche diagnostique, thérapeutique et sanitaire face aux infections bactériennes et virales de l’appareil génital. La réalisation d’écouvillons met en évidence la présence de germes pathogènes lors d’infections bactériennes de l’appareil génital externe ; les caractéristiques des bactéries sont précisées dans cet article, de même que les mesures sanitaires et les soins à apporter à l’étalon en fonction de l’agent responsable. Les infections bactériennes de l’appareil génital profond touchent essentiellement les testicules, l’épididyme et les glandes annexes. L’étalon peut être un réservoir de l’artérite virale ou de l’exanthème coïtal.