Certaines molécules peuvent présenter des effets secondaires sur les performances reproductrices de l’étalon ; d’autres, répertoriées dans un tableau, ont des effets avérés sur la fertilité chez d’autres espèces que l’étalon. Les molécules peuvent avoir des effets néfastes sur les caractéristiques de la semence ou sur le comportement sexuel de l’étalon. Les processus d’action et les effets provoqués sont décrits dans cet article, en fonction des molécules utilisées.

Chez l’étalon, il convient de limiter l’utilisation des agents hormonaux ou de leurs dérivés et des stéroïdes anabolisants. L’utilisation de corticoïdes, d’antimitotiques, de l’acépromazine et de certains antibiotiques peut être à l’origine de troubles de la fertilité chez l’étalon.

Les effets sont étroitement liés à la dose, à la durée, au rythme d’administration et à l’âge du cheval. Les molécules qui n’affectent pas la fertilité de l’étalon sont précisées dans un tableau. Par ailleurs, certaines techniques d’imagerie (radiographie et gamma-scintigraphie) peuvent être délétères sur les spermatogonies en division.