La distinction des causes "fonctionnelles" d’intolérance à l’effort a surtout un intérêt pour la classification des (nombreuses) causes de fatigabilité, en permettant de distinguer les affections neuro-musculaires des "autres" causes de fatigabilité. Dans la pratique, la distinction sur la base d’éléments cliniques ou para-cliniques sera souvent délicate.

Une intolérance à l’effort fonctionnelle peut survenir suite à une altération de la perfusion tissulaire, donc à une augmentation des résistances vasculaires périphériques, ou à une diminution du débit cardiaque (qui dépend à son tour du volume d’éjection systolique et de la fréquence cardiaque). L’éjection systolique dépend de la fonction myocardique (éjection mais aussi remplissage) et également de la volémie.

Enfin, toute affection systémique influant sur l’homéostasie sanguine (teneur en oxygène, composition hydro-électrolytique et glucidique) peut également à terme influer sur l’approvisionnement en nutriment et en oxygène et l’homéostasie musculaire. Les causes de fatigabilité à l’effort recouvrent ainsi en théorie celles d’hypoglycémie, d’hypoxie, de modifications électrolytiques majeures.