L’autopsie doit permettre de définir la cause de la mort ou de la décision d’euthanasie, de confirmer ou de compléter un diagnostic clinique, de dresser un bilan lésionnel exhaustif.

Les échecs réels de la méthode sont liés à l’altération cadavérique avancée ou à la nature du processus morbide.

Les échecs apparents résultent d’une procédure incomplète, d’erreurs dans l’interprétation des lésions ou le choix des examens complémentaires.

La confrontation entre bilan clinique et nécropsique donne des résultats différents selon l’affection considérée.
L’exemple le plus marquant est celui du tétanos, maladie facilement diagnostiquée du vivant du cheval en raison de signes cliniques assez caractéristiques mais dépourvue de lésions significatives à l’autopsie.