L'endoscopie urinaire est un examen complémentaire de deuxième intention lors de l'exploration de troubles urinaires tels que l'incontinence, les infections urinaires chroniques, l'hématurie, la dysurie ou la pollakiurie.
Elle permet d'obtenir des informations morphologiques précises sur le trajet urinaire incluant les ostiums urétral et urétéraux, l’urètre et la vessie, ainsi que sur le carrefour des voies uro-génitales.
La diversité des instruments existants permet de réaliser cet acte sur les chiens de petit comme de grand format, et parfois sur les chats.
L'anesthésie générale reste indispensable pour garantir la sécurité de l’animal, et la qualité des informations recueillies. La présence d’une anémie, d’un trouble de la coagulation ou d’une insuffisance rénale aiguë représente une contre-indication à cette procédure.

Différentes anomalies congénitales (ectopie urétérale par exemple) ou acquises telles que des lésions inflammatoires (urétrite sténosante, bride, ...), ou tumorale (carcinome à cellules transitionnelles, sarcome de Sticker, ...) peuvent être observées. L'endoscopie peut aussi présenter un caractère thérapeutique, permettant l’exérèse de calculs à l'aide d'une pince basket, et le retrait de polypes à l'aide d'un lasso cautérisant. Elle peut enfin guider l’utilisation du laser pour traiter les uretères ectopiques.