Objectif de l’étude ❚ Savoir si le comptage des bactéries intestinales est possible et fiable, et avec quel prélèvement fécal chez le chien

Abstr. #247 Evaluation of intra-stool variability of three lactic acid bacterial genera in dogs by quantitative real-time PCR. Garcia et coll.

Synthèse par Géraldine Blanchard


● Les bactéries lactiques sont souvent considérées comme permettant de moduler la flore intestinale. Mais la détection des bactéries intestinales a longtemps été une limite à l’étude de leurs effets. Dans cet essai, les auteurs ont cherché à évaluer la répétabilité de l’extraction d’ADN et la variation intra-feces du comptage des bactéries lactiques, sur des fécès de chiens, en utilisant une technique de PCR quantitative en temps réel (qPCR).
● Pour évaluer la répétabilité de la méthode d’extraction d’ADN, cette dernière a été effectuée 5 fois à partir de quatre homogénéisats d’échantillons fécaux. Par ailleurs, cinq sites ont été prélevés au hasard lors de chacune des huit défécations (une par chien).
● L’extraction de l’ADN a été réalisée sur 100 mg d’échantillon par la méthode au phénol-chloroforme.
Une qPCR séparée a été réalisée sur tous les échantillons en utilisant une sonde spécifique pour la fraction 16S de l’ARNr de Lactobacillus, Bifidobacterium, et Enterococcus spp.
● Vingt échantillons ont été évalués pour évaluer la répétabilité de l’extraction d’ADN pour chaque gènome. Le coefficient de variation (CV) a été calculé à partir de cinq extractions pour chacun trois génomes (médiane [fourchette]) :
- Bifidobacterium : 5,2 p. cent [2,7 p. cent - 6,2 p. cent] ;
- Enterococcus : 7.1 p. cent [5,9 p. cent - 4 p. cent]
- Lactobacillus : 4,7 p. cent [2,7 p. cent - 6,4 p. cent].
Résultats et conclusion
● Quarante échantillons (5 sites x 8 défécations) ont été analysés pour évaluer la variation intrafeces.
Le coefficient de variation est le suivant (médiane[fourchette]) :
- Bifidobacterium : 11,7 p. cent [2,2 - 32,2 p. cent]
- Enterococcus : 6,3 p. cent [1,8 - 21,1 p. cent]
- Lactobacillus : 17,4 p. cent [6,8 - 38,5 p. cent].
● Cette méthode montre que la qPCR est une méthode fiable pour quantifier les bactéries lactiques dans un échantillon de selles chez le chien.
Elle montre également que la variabilité intrafeces, c’est-à-dire en fonction du site fécal prélevé, peut aller jusqu’à 38 p. cent, ce qui doit être pris en compte dans les études ultérieures. ❒