reproduction
ANALYSE MÉTAGÉNOMIQUE DE LA POPULATION BACTÉRIENNE UTÉRINE
chez les vaches laitières en post-partum
saines ou atteintes de métrites
chez les vaches laitières en post-partum
saines ou atteintes de métrites
| Objectif de l'étude ❚ Comparer le profil phylogénétique des populations bactériennes présentes dans l’utérus sain ou atteint d’endométrite. |
Journal of Dairy Science, 2011;94:291-302. Metagenomic analysis of the uterine bacterial microbiota in healthy and metritic postpartum dairy cattle. Santos TMA, Gilbert RO, Bicalho RC |
Synthèse par Nicole Picard-Hagen, Département Élevage et Produits, Université de Toulouse,
École Nationale Vétérinaire de Toulouse, 23, chemin des Capelles 31076 Toulouse cedex
● La population bactérienne utérine des vaches en post-partum a été étudiée sur des cultures de sécrétions utérines grâce à des méthodes de bactériologie classique. Cependant, certaines espèces bactériennes, nécessitant des conditions de culture particulières ne peuvent pas être mises en évidence par ces méthodes.
● Cette étude réalise une comparaison du profil phylogénétique des populations bactériennes présentes dans l’utérus sain ou atteint d’endométrite, par une analyse métagénomique basée sur l'amplification des gènes de l'ARN ribosomique 16S (cible pour l’identification moléculaire), et ne nécessitant pas d'étape de culture.
Méthode
● Des sécrétions utérines ont été collectées par une sonde de Foley chez 20 vaches Prim’Holstein, à 10 jours post-partum (10 saines et 10 atteintes de métrites puerpérales), issues de deux élevages en Amérique du Nord.
● L’ADN a été extrait des liquides utérins et les gènes de l’ARN 16S des populations bactériennes ont été amplifiés à l'aide d'amorces universelles et spécifiques de phyla bactériens.
La diversité des séquences amplifiées a été analysée par électrophorèse des produits de PCR sur gel en gradient dénaturant et par clonage et séquençage des amplicons.
Résultats et discussion
● La diversité bactérienne décrite par cette analyse est plus complexe que celle observée par bactériologie classique. Les communautés bactériennes diffèrent fortement en fonction du statut utérin.
● Cinq groupes majeurs de bactéries sont retrouvés dans les sécrétions utérines : Gammaproteobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes, Tenericutes et Actinobacteria.
● Le phylum Fusobacteria (Fusobacterium necrophorum) prédomine chez les vaches à métrite.
● La diversité bactérienne semble plus importante chez les vaches saines, des bactéries du groupe Gammaproteobacteria (Mannheimia varigena, Pasteurella hemolytica) sont retrouvées dans les échantillons des vaches saines des deux élevages étudiés. Dans un des deux élevages, des membres du phylum des Tenericutes (Mycoplasmes et Uréaplasmes) et des Firmicutes (type Streptococcus suis et S. uberis) ont également été détectés.
● Dans cette étude, aucune séquence spécifique d’Escherichia coli ou d’Arcanobacterium pyogenes n’ont été identifiées, alors que ces germes sont en général isolés lors de métrite puerpérale.
Conclusion
● Ces techniques de biologie moléculaire, complétées par des approches globales modernes de screening et de séquençage à haut débit, pourraient permettre de mieux comprendre les interactions entre l’environnement utérin et le microbiotope.
● Toutefois, dans cette étude, il est regrettable de ne pas disposer en parallèle d’un examen bactériologique classique après culture des sécrétions utérines. ❒
Modifié le: jeudi 19 septembre 2013, 15:51