| | DOSSIER :
L'ÉLEVAGE
ET LA MÉDECINE DE PRÉCISION
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ACTUALITÉS EN PERSPECTIVE
résumé et plan de l'article
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Vers une identification
de nouveaux virus respiratoires
bovins
Gilles Meyer, Claire Pelletier, Nicolas Herman,
Mariette Ducatez, Hervé Cassard, Elias Salem
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Cet article a pour but de fournir au lecteur des données actualisées sur la prévalence des agents pathogènes respiratoires connus, et de lui présenter les connaissances récentes sur l’identification de nouveaux virus respiratoires bovins, dont le pouvoir pathogène nécessite encore d’être démontré. La fréquence des affections respiratoires et leur impact économique représentent un obstacle à l’élevage des jeunes bovins et handicapent lourdement leurs filières. Le plus souvent, ces affections sont multifactorielles et font intervenir, d’une part, des agents pathogènes et, d’autre part, des facteurs liés à l’animal, à l’environnement et à la conduite d’élevage. Parmi les agents infectieux, les virus sont souvent isolés, seuls ou en association avec des bactéries. Leur implication repose sur les données des études épidémiologiques et de reproduction expérimentale de la maladie. Les nouvelles technologies permettent maintenant une recherche exhaustive de l’ensemble des virus et / ou bactéries présents dans un échantillon. Le séquençage à haut-débit a récemment été appliqué à l’identification de nouveaux virus respiratoires bovins, dont le pouvoir pathogène nécessite encore d’être démontré.
Les principaux virus connus sont, avant tout, le virus respiratoire syncytial bovin (VRSB), puis l’Herpèsvirus bovin de type 1 (BoHV-1), le virus Parainfluenza 3 bovin (bPI3) et le virus de la Diarrhée virale bovine (BVD) qui agit en tant que co-facteur.
Cette situation n’est cependant pas figée dans le temps et d’autres virus sont de plus en plus fréquemment cités, tels que le Coronavirus bovin (bCoV) ou l’Adénovirus bovin de type 3 (bAd3). Dans un nombre non négligeable de situations, aucun pathogène n’est détecté, suggérant que d’autres agents encore non identifiés puissent intervenir.
Avec l’avènement de la métagénomique, de nouveaux programmes de recherche ont ainsi été initiés pour mieux caractériser la flore virale et bactérienne de l’appareil respiratoire des veaux sains et / ou atteints de troubles respiratoires.
Disciplines : Respiratoire, Médecine interne, Maladies infectieuses, Virologie, Vaccinologie
Mots clés : Bovin, respiratoire, Pathogène, Séquençage de masse, Prévalence, Nouveaux virus
PLAN DE L'ARTICLE
LA PRÉVALENCE ACTUELLE DES PATHOGÈNES RESPIRATOIRES CONNUS EN FRANCE
Encadré - La prévalence des virus respiratoires : synthèse de quelques études
Les données disponibles en France
Les nouvelles méthodes analytiques
Les résultats de deux études récentes
Tableau 1 - Fréquence de détection des agents pathogènes respiratoires obtenus par le LDA71 dans le cadre du diagnostic vétérinaire ou par l’INP-ENVT
Figure 1 - Répartition (%) des écouvillons nasaux et lavages broncho-alvéolaires en fonction du nombre de pathogènes détectés lors de l’étude 2
Les limites de ces études
VERS UNE CARACTÉRISATION DE NOUVEAUX VIRUS RESPIRATOIRES BOVINS ?
Figure 2 – Démarche méthodologique de la technique NGS appliquée aux prélèvements respiratoires bovins
Une approche ciblée : l’identification de l’Influenza virus D (IDV)
Aux États-Unis
En France
Tableau 2 – Caractérisation des six prélèvements français positifs pour l’influenza virus D
Dans les autres pays
Une approche exhaustive par NGS (next generation sequencing) : la caractérisation du “virome” respiratoire des bovines
Première étude sur la recherche du virome respiratoire des bovines
La deuxième étude sur des veaux
Figure 3 - Résultat d’un NGS sur un lavage broncho-alvéolaire avec identification de l’ensemble des séquences virales, notamment celles du VRSB, responsable du trouble respiratoire observé
Tableau 3 - Fréquence des agents infectieux détectés par PCR spécifiques chez 50 veaux atteints d’affections respiratoires et 50 veaux sains provenant des mêmes élevages
CONCLUSION
1 photo illustre cet article.
Gilles Meyer, DVM, PhD, Diplomate de l’European College of Bovine Health and Management (ECBHM) est Professeur en Pathologie des Ruminants à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (INP-ENVT). Ses activités scientifiques portent sur les virus des ruminants au sein de l’Unité mixte de recherche INRA/INP-ENVT, Interactions Hôtes-Agents Pathogènes (IHAP).
1988 : Diplômé de l’Ecole Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
1989 : Diplômé de l’Institut Pasteur (Virologie Médicale)
1990 : Certificat de Pathologie Animale Tropicale (CIRAD)
1993 : Doctorat Vétérinaire, Université de Toulouse
1992 : Docteur de l'Institut national polytechnique de Toulouse
1993 : Professeur à l’ENVT
1993-1999 : Assistant de recherche contractuel, Virologie, Faculté de Médecine Vétérinaire de Liège. Doctorat en Sciences Vétérinaires (Université de Liège)
2000-2015 : Enseignant chercheur en Pathologie des Ruminants à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (INP-ENVT). HDR en 2008.
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| Sauter N°31, volume 8, 2015
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Test clinique - Une cause de diarrhée aiguë des bovins adultes
Gérard Argenté, Hervé Morvan, Gilles Thomas
Éditorial - François Schelcher
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ACTUALITÉS EN PERSPECTIVE
- Chronique - Les prions sont éternels
Zénon
- Vers une identification de nouveaux virus respiratoires bovins
Gilles Meyer, Claire Pelletier, Nicolas Herman, Mariette Ducatez, Hervé Cassard, Elias Salem
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RUMINANTS
Dossier : L'élevage et la médecine de précision
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Test clinique - Les réponses
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