À la suite du séquençage du génome de différentes espèces dont l’espèce bovine, des outils à haut débit sont maintenant disponibles, permettant le génotypage de plusieurs dizaines de milliers de marqueurs SNP (Single Nucleotid Polymorphism) simultanément, couvrant l’ensemble du génome.

Bien que ces marqueurs n’aient pas d’effets biologiques propres, certains d’entre eux sont suffisamment proches des gènes causaux pour permettre de prédire leurs effets. Cette propriété est mise à contribution en évaluation génomique.

Les effets apparents des marqueurs sont estimés dans une population de référence pour laquelle on dispose à la fois de génotypes et de phénotypes. Ces effets apparents sont ensuite utilisés pour prédire la valeur d’un individu pour lequel on ne dispose que de génotypes, à la naissance par exemple.