Gilles Foucras
Professeur
Pathologie des ruminants, ENV Toulouse
UMR Interactions Hôtes-Agents Pathogènes
23, chemin des Capelles
BP 87614
31076 Toulouse cedex 03

L’année 2009 fut celle de la première diffusion de taureaux laitiers indexés à l’aide de la génomique ; l’année 2011 sera celle de l’évaluation génomique officielle de la voie femelle.

Qu’est-on en mesure d’attendre de ces nouvelles méthodes de sélection ?
Grâce aux progrès techniques de la biologie moléculaire et du séquençage, le génome des principales espèces d’élevage est maintenant décrypté ; les multiples variants nucléotidiques (ou S.N.P.) ainsi identifiés sont autant de balises qui servent, sans connaître les gènes a priori, à repérer les segments génétiques d’intérêt. Par leur grand nombre (environ 1 million de mutations ponctuelles identifiées chez les bovins à l’heure actuelle), ils ont permis de développer des outils de criblage (puces S.N.P.) du génome de plusieurs espèces domestiques, de façon suffisamment fiable pour envisager les utiliser en sélection.

Alors que les attentes sont immenses, les premiers résultats sont déjà là : tout d’abord, pour les filières, un gain de temps et d’efficacité majeur dans l’identification des meilleurs reproducteurs, mais aussi une économie substantielle pour les unités de sélection, grâce à la suppression du testage sur descendance, et le raccourcissement de l’intervalle entre générations.

En France, les trois principales races laitières (Prim’Holstein, Normande et Montbéliarde) sont les premières à en bénéficier (cf. l’article de D. Boichard et coll.) ; d’autres races, en particulier allaitantes vont suivre. Des approches similaires sont déjà largement engagées chez les petits ruminants. Pour toutes les espèces de ruminants, la sélection génomique est le gage d’une efficacité de la sélection et d’une amélioration génétique compétitive dans un environnement mondialisé.

Si le gain attendu sur les caractères de performance est indéniable, la sélection génomique ouvre la voie à de nouvelles possibilités grâce à l’inclusion de nouveaux critères de sélection. Ce sont en particulier ceux relatifs à la reproduction, à la qualité des produits, et à la santé. Du fait d’une héritabilité beaucoup plus faible que la plupart des caractères zootechniques, il était difficilement envisageable de sélectionner des ruminants plus résistants à telle ou telle affection ou maladie par les approches traditionnelles.

Cet objectif peut maintenant être atteint pour peu que les conditions ad hoc soient remplies. Il s’agit, en particulier, du choix et de la collecte des phénotypes associés pour l’amélioration de traits aussi divers que l’adaptation aux contraintes d’élevage, la sensibilité à diverses maladies, le comportement, la longévité. Cela suppose que la physiopathologie des affections par exemple soit suffisamment bien connue pour faire le choix des critères à mesurer, et qui serviront de critères de sélection. Ces sélections pourront être réalisées sans coût de génotypage supplémentaire, à partir des critères disponibles.

Ainsi, la collecte des phénotypes devra être réalisée sur tout ou partie de la population à sélectionner ; c’est là que réside le nouvel enjeu. Il y aura donc nécessairement un transfert des coûts traditionnels attachés à l’activité de sélection vers celui de la collecte des informations pour la mise en œuvre de ces sélections. De nombreuses questions restent en suspens comme la prise en charge des coûts induits, la réalisation des activités de collecte et d’archivage qui impliquera de nouveaux acteurs au sein de nouveaux réseaux.

La profession vétérinaire doit être partie prenante de ce nouvel élan. Elle va donc se trouver confrontée à de nouveaux choix en matière de gestion collective de la santé.
Au delà de l’appui technique en matière d’amélioration génétique des troupeaux qui reste marginal, il sera possible, dans un avenir proche, d’intégrer des nouveaux outils dans le répertoire des moyens de gestion et d’amélioration de la santé des ruminants en élevage. La place du vétérinaire dans ce domaine est sans nul doute des plus légitimes, à condition d’une appropriation minimale. L’industrie pharmaceutique l’a bien compris en s’engageant significativement, par la création de branches d’activité spécifiques et l’intégration en son sein d’entreprises de biotechnologies.

Il reste encore beaucoup d’inconnues, il est donc moins difficile aujourd’hui de connaître les changements à venir que la vitesse à laquelle ils se mettront en place. La lecture des deux premiers articles d’une série sur les nouvelles perspectives offertes par les techniques de génomique permet de faire le point et d’appeler des questionnements sur un sujet en constante et très rapide évolution.