UNE MOSAÏQUE DE DISPOSITIFS DE SURVEILLANCE ÉPIDÉMIOLOGIQUE

Définition de la surveillance épidémiologique
Encadré 1 - Définitions : surveillance événementielle et surveillance programmée

Les différents types de dispositifs de surveillance épidémiologique

Différences entre “activité de surveillance” et “réseau de surveillance”
Figure - Organisation du projet d’Observatoire de la mortalité des animaux de rente (OMAR)

Évaluer les performances des dispositifs : une nécessite

DES POINTS DE CONVERGENCE NOMBREUX

Des critères méthodologiques et structurels similaires
Encadré 2 - Le système d’information de la DGAL (SIGAL) et la base de données nationale d’identification (BDNI)

Des intervenants communs sur le terrain

Une mutualisation possible

UN AVENIR DE CONTRAINTES ET D’OPPORTUNITÉS

CONCLUSION

Les encéphalopathies spongiformes transmissibles des ovins ont fait l’objet en France d’une surveillance organisée depuis les années 1990, de plus en plus poussée au fil des années. Les incertitudes autour des enjeux de santé publique associés à ces maladies, notamment en raison de la menace de l’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB), ont motivé ces efforts.

La surveillance active a permis d’établir avec un niveau de certitude élevé l’absence d’ESB dans la population ovine, tandis qu’elle fournissait des estimations précises des prévalences des formes classique et atypique de la tremblante, de l’ordre de grandeur d’un cas pour 10 000 ovins testés. Le recul dans le temps permet d’observer une diminution de la prévalence de la tremblante classique et la stabilité géographique et temporelle de la prévalence de la tremblante atypique.

Toutefois, des questions restent en suspens, notamment vis-à-vis de l’impact potentiel de ces maladies sur la santé publique. Une surveillance doit être poursuivie ; le choix du dispositif entre surveillance clinique et surveillance active doit prendre en compte le niveau de prévalence et son évolution dans le temps, les contraintes économiques et les performances réciproques de ces systèmes.

À la suite du séquençage du génome de différentes espèces dont l’espèce bovine, des outils à haut débit sont maintenant disponibles, permettant le génotypage de plusieurs dizaines de milliers de marqueurs SNP (Single Nucleotid Polymorphism) simultanément, couvrant l’ensemble du génome.

Bien que ces marqueurs n’aient pas d’effets biologiques propres, certains d’entre eux sont suffisamment proches des gènes causaux pour permettre de prédire leurs effets. Cette propriété est mise à contribution en évaluation génomique.

Les effets apparents des marqueurs sont estimés dans une population de référence pour laquelle on dispose à la fois de génotypes et de phénotypes. Ces effets apparents sont ensuite utilisés pour prédire la valeur d’un individu pour lequel on ne dispose que de génotypes, à la naissance par exemple.

La sélection génomique est particulièrement favorable chez les bovins laitiers, principalement par la réduction de l’intervalle de génération qu’elle permet, mais aussi le haut niveau de précision des index. Elle va induire la fin progressive du testage sur descendance des taureaux avant leur diffusion et mise en marché.

Elle est devenue une réalité depuis deux ans, grâce à d’importantes populations de référence mises en œuvre constituées de milliers de taureaux d’insémination artificielle à la fois génotypés et testés sur descendance. La précision des index génomique est comprise entre 0,5 et 0,7 selon les caractères.

La sélection génomique offre la possibilité d’augmenter fortement le progrès génétique réalisé, de corriger les évolutions passées défavorables sur divers caractères fonctionnels peu héritables, d’inclure de nouveaux caractères dans l’objectif de sélection, et de gérer la variabilité génétique des races de façon plus durable, à condition de changer fortement les habitudes de reproduction en renonçant au "star system" et d'utiliser beaucoup de jeunes taureaux.

La stratégie de maîtrise collective de la B.V.D suppose de définir au préalable un objectif d’éradication du virus ou de cohabitation acceptable avec celui-ci. Les stratégies mises en place en Bretagne et en Bourgogne illustrent ces deux orientations possibles, justifiées par des contextes épidémiologiques, techniques, économiques et politiques différents.

En Bretagne, le caractère relativement isolé des élevages, la conduite en lot unique des élevages laitiers, la surveillance sur lait de tank permettent d’envisager une éradication par l’identification des élevages à circulation virale.

En Bourgogne, les contaminations de voisinage, la durée du pâturage, les pratiques d’allotements et le coût des contrôles sur prises de sang rendent difficile une prophylaxie sanitaire stricte et les éleveurs sont encouragés à se protéger contre la B.V.D par la vaccination. Chaque région a développé ses propres outils de suivi adaptés à son objectif.

La question se pose sur la cohabitation de ces deux stratégies et sur le choix d’une stratégie nationale. Le code des échanges défini au niveau national permet déjà de poser des règles harmonisées de garantie de bovins non I.P.I pour les échanges. Les vétérinaires praticiens doivent être conscients de ces enjeux afin de conseiller au mieux leurs clients éleveurs.

Depuis 2008, la Suisse conduit un programme d’éradication de la Diarrhée Virale Bovine (BVD) sur tout le territoire. L’objectif est d’identifier les animaux infectés de manière permanente par le virus (appelés aussi animaux IPI pour infectés permanents immunotolérants) et de les éliminer. Le programme est un succès : si en 2008 la prévalence de la BVD chez les veaux nouveau-nés était de 1,6 p. cent, elle s’élève à 0,1 p. cent fin 2010.

Le programme s’est organisé en plusieurs étapes. Dans une première étape, les génisses ont été testées avant de partir à l’alpage. Cette étape a permis de réduire le nombre d’infections lors de l’estivage. Dans un second temps, tous les bovins restants ont été testés en l’espace de 3 mois. Depuis, les veaux nouveau-nés sont testés à la naissance.

La bonne marche du programme repose notamment sur une logistique fiable, en particulier grâce à un système informatique performant, centralisant toutes les données nécessaires à la réussite du programme, comme les données sur les mouvements des animaux ou les données des laboratoires. Les restrictions des mouvements d’animaux avec la mise sous séquestre des femelles gestantes IPI ont également été essentielles pour éviter les réinfections de troupeaux indemnes. Une campagne de communication très large et menée sur différents canaux, a aussi joué un rôle très important.

Les prochains mois seront décisifs pour éliminer les derniers animaux IPI. Quelques années sont encore nécessaires pour prouver que la Suisse est indemne de BVD.

Le concept de santé des animaux englobe plusieurs notions : absence de maladie, performances zootechniques, équilibre avec l’environnement, bien-être. Nous avons réalisé une enquête auprès d’acteurs de la filière porcine afin de recueillir leur perception de la santé des animaux en élevage.

Soixante-neuf personnes ont été interrogées (43 vétérinaires/scientifiques, 13 techniciens d’élevage et 13 éleveurs), en utilisant un guide d’entretien constitué de questions ouvertes. Les acteurs ont été interrogés sur leur définition (i) d’un animal en bonne santé (ii) d’un animal en mauvaise santé et (iii) d’un troupeau/groupe en bonne santé. Les critères cités sont homogènes entre catégories d’acteurs. Les performances d’une part et l’absence de signes cliniques d’autre part sont les critères les plus fréquemment évoqués.

La filière cunicole française, aujourd’hui au 4^e rang mondial, s’est rationnalisée depuis une quarantaine d’année. Mise à mal par la survenue de l’Entéropathie Epizootique du Lapin (EEL) en 1996, elle doit faire face aujourd’hui à une augmentation sans précédent du coût alimentaire.

Réactive, après avoir progressé zootechniquement de manière spectaculaire en repensant complètement son mode de production et en inventant la conduite en bande unique en « tout vide – tout plein », la filière cunicole cherche aujourd’hui à réduire ses coûts de production. Elle possède un atout majeur : la grande qualité nutritionnelle et diététique de sa viande.