Les contaminants en élevage porcin peuvent être divisés en trois catégories : les agents de maladies réglementées, désormais qualifiés de dangers sanitaires de catégorie 1, les contaminants à l’origine de pertes économiques sévères avec une forte mortalité et les agents d’infections enzootiques, cliniquement moins sévères mais à l’origine de lourdes pertes économiques.
Les maladies réglementées comportent surtout des infections virales : Fièvre aphteuse, Pestes porcines, Maladie d’Aujeszky, Maladie de Teschen, mais aussi la Brucellose et la Salmonellose à Salmonella choleraesuis.

Les pertes économiques sévères sont le fait du virus SDRP, du PCV2 et, dans une moindre mesure des virus grippaux, d’Actinobacillus pleuropneumoniae, des colibacilloses, de la streptococcie à Streptoccus suis dans leurs formes aiguës.

Les infections enzootiques à expression clinique moins sévères (Mycoplasma hyopneumoniae, pasteurelles et bordetelles, Lawsonia intracellularis, leptospiroses,…) provoquent des retards de croissance très coûteux qui désorganisent la conduite d’élevage. Le rôle du vétérinaire est crucial à tous les étages de la production.

En sélection et en multiplication, il doit établir l’inventaire des contaminants et choisir les tests à mettre en œuvre, l’échantillonnage et la fréquence des contrôles.

En production, l’examen clinique et nécropsique oriente le diagnostic qui doit être confirmé par le laboratoire et être complété par un "monitoring" permettant de suivre la chronologie de l’infection afin de mettre en place prévention et traitement dans les meilleures conditions d’efficacité.