Les bactéries responsables d’infections chez le cheval ont peu évolué vers la résistance. Les streptocoques sont restés sensibles aux ß-lactamines. Néanmoins, la description de souches de Rhodococcus equi résistantes aux macrolides et de mutants résistants à la rifampicine pourrait rendre le traitement de référence inefficace, à court terme.

De plus, les infections par des souches de Staphylococcus aureus méti-R (SARM) multirésistantes sont de plus en plus fréquentes. Le traitement de ces infections est très difficile. Des mesures strictes d’hygiène doivent donc être mises en œuvre pour limiter leur dissémination entre chevaux, et du cheval vers l’homme, ces souches pouvant coloniser l’homme au contact de l’animal.